一、课程导语

不少人因各式各样原因，在读研时跨行生信或从事生信相关研究，其中不少开端即自学。然漫漫自学路，迷茫困苦乃至萌生放弃做科研的念头。
念此，决定在比较擅长的领域-病毒遗传进化方面做点尝试，开一门理论和实战演示并重的基础课。
注：课程里数据分析演示，以病毒序列数据作为背景和例子。然大道共通，做其他生物遗传进化的同学也可以参考。

二、课程目标

掌握常用的遗传进化分析方法和流程，包括序列下载和预处理、序列比对、基因突变分析、重组和重配分析、系统发育分析、基因选择压力分析、分化时间和进化速率估算、系统发生生物地理学分析（病毒时空动态分析）、蛋白质三级结构预测等。

三、适合人群

（1）零基础，生物信息学入门；
（2）有基础，需要提升的同学。

四、课程特色

从算法原理到数据分析演示，知其所以然，避开数据分析黑箱子。
思维导向，深入浅出式讲解，系统学习遗传进化相关知识。

五、课程安排

【基础分析】
专题一：病毒分类，序列下载，序列格式
1. 病毒分类
2. 病毒序列下载
3. 序列格式解读
4. 序列格式转换

专题二：序列比对原理及应用
1. 打分矩阵
2. 序列比对策略
3. 双序列比对
4. 多序列比对

专题三：基因突变分析、重组和重配分析
1. 病毒基因突变分析
2. 病毒重组和重配分析

专题四：系统发育分析之理论基础篇
1. 认识进化树
2. 分子钟假说
3. p距离与泊松校准
4. 核苷酸进化模型深入剖析
5. 几种建树方法原理详解

专题五：系统发育分析之实战操作篇
1. 建树流程
2. 估算进化模型
3. 系统发育树构建（NJ,ML,BI）
4. 树的查看和美化

专题六：系统发育分析进阶
1. 系统发育信号检测
2. 树拓扑结构比较
3. 多基因联合建树

【高级专题】
专题七：基因选择压力分析
1. 自然选择VS中性进化
2. 枝长模型
3. 位点模型
4. 枝位点模型
5. 进化枝模型
6. PAML进行选择压力分析

专题八：分化时间和进化速率估算
1. 使用Beast估算分化时间和进化速率
2. 使用Treetime估算分化时间和进化速率
3. 使用LSD估算分化时间和平均进化速率

专题九：系统发生生物地理学
1. 谱系生物地理学介绍
2. 贝叶斯随机搜索量（BSSVS）分析
3. 结构化溯祖分析

专题十：蛋白质三级结构预测
1. 蛋白质三级结构介绍
2. 蛋白质结构比对
3. 三级结构预测方法
4. 三级结构预测实践
5. 三级结构质量评估
6. 三级结构查看与作图