病毒遗传进化分析

一、课程导语 不少人因各式各样原因，在读研时跨行生信或从事生信相关研究，其中不少开端即自学。然漫漫自学路，迷茫困苦乃至萌生放弃做科研的念头。念此，决定在比较擅长的领域-病毒遗传进化方面做点尝试，开一门理论和实战演示并重的基础课。注：课程里数据分析演示，以病毒序列数据作为背景和例子。然大道共通，做其他生物遗传进化的同学也可以参考。 二、课程目标 掌握常用的遗传进化分析方法和流程，包括序列下载和预处理、序列比对、基因突变分析、重组和重配分析、系统发育分析、基因选择压力分析、分化时间和进化速率估算、系统发生生物地理学分析（病毒时空动态分析）、蛋白质三级结构预测等。 三、适合人群 （1）零基础，生物信息学入门；（2）有基础，需要提升的同学。 四、课程特色 从算法原理到数据分析演示，知其所以然，避开数据分析黑箱子。思维导向，深入浅出式讲解，系统学习遗传进化相关知识。 五、课程安排 【基础分析】专题一：病毒分类，序列下载，序列格式1. 病毒分类2. 病毒序列下载3. 序列格式解读4. 序列格式转换专题二：序列比对原理及应用1. 打分矩阵2. 序列比对策略3. 双序列比对4. 多序列比对专题三：基因突变分析、重组和重配分析1. 病毒基因突变分析2. 病毒重组和重配分析专题四：系统发育分析之理论基础篇1. 认识进化树2. 分子钟假说3. p距离与泊松校准4. 核苷酸进化模型深入剖析5. 几种建树方法原理详解专题五：系统发育分析之实战操作篇1. 建树流程2. 估算进化模型3. 系统发育树构建（NJ,ML,BI）4. 树的查看和美化专题六：系统发育分析进阶1. 系统发育信号检测2. 树拓扑结构比较3. 多基因联合建树【高级专题】专题七：基因选择压力分析1. 自然选择VS中性进化2. 枝长模型3. 位点模型4. 枝位点模型5. 进化枝模型6. PAML进行选择压力分析专题八：分化时间和进化速率估算1. 使用Beast估算分化时间和进化速率2. 使用Treetime估算分化时间和进化速率3. 使用LSD估算分化时间和平均进化速率专题九：系统发生生物地理学1. 谱系生物地理学介绍2. 贝叶斯随机搜索量（BSSVS）分析3. 结构化溯祖分析专题十：蛋白质三级结构预测1. 蛋白质三级结构介绍2. 蛋白质结构比对3. 三级结构预测方法4. 三级结构预测实践5. 三级结构质量评估6. 三级结构查看与作图